Rapport de microbiologie de l’environnement

1. Introduction

Lors de ces travaux pratiques, nous avons réalisé 2 expériences. L’une était d’ensemencer divers milieux de cultures avec différents extraits de sols afin d’observer la biodiversité des microorganismes présents dans ces extraits.
La seconde manipulation consistait en l’analyse de la diversité métabolique des microorganismespar la méthode sur ecoplates (Community-Level-Physiological-Profiling).

2.2. But de l’étalement d’extraits de sol sur boîte de Pétri

Nous savons maintenant que le sol n’est pas un « désert biologique » et qu’il contient une infinité de microorganismes (champignons et bactéries notamment). Le sol représente ainsi une des plus grandes sources de biodiversité inconnue à l’heureactuelle.
Le but de cette manipulation est de mettre en évidence les différents types de communautés de microorganismes vivant dans les sols (5 types de sol) en les étalant sur 6 milieux de cultures différents.
Les milieux utilisés diffèrent par leur composition en nutriments, et leur pH, ils nous permettrons donc d’isoler différents types de microorganismes en fonction de leurs besoins métabolique.Parallèlement à l’ensemencement sur boîte de Pétri, nous avons pris la mesure du pH des différents sols à notre disposition. De cette manière, nous pouvions déjà nous faire une idée quant aux types de microorganismes vivant sur ces sols. Nous avons vu au cours que les champignons se développaient préférentiellement sur des sols acides et que les bactéries préféraient les sols neutres à basiques.Attention, cela ne veut pas dire que nous ne retrouverons que des champignons sur sols acides et des bactéries sur sol neutres-basiques!

2.3. Méthode de l’étalement d’extrait de sol sur boîte de Pétri

1. Étalement d’une goutte de suspension de sol à proximité du bord la boîte.
2. Réalisation de stries pour séparer autant que possible les différentes colonies à l’aide d’uneoese stérile.
3. Tourner la boîte d’un quart de tour et réaliser une série de stries chevauchant partiellement les premières stries avec l’oese passée à la flamme… répéter l’étape jusqu’à recouvrement total de la surface de la boîte.
4. L’ensemencement doit se passer dans des conditions de stérilité optimales travailler à proximité d’une flamme bleue de bec bunsen (- de 30cm)2.4.1. Composition des milieux

V8 agar
* CaCO3, jus de légumes V8, eau distillée
* Ce milieu est excellent pour certains types de champignons
* Le carbonate de calcium sert à tamponner l’acidité du milieu causée par le jus de fruit

Malt agar
* Malt-agar, eau distillée, ajustement du pH à 6-6.5
* Ce milieu sert aussi à isoler généralement des moisissures et des levures* En milieu acide, l’extrait de malt, qui est riche en glucides, apporte tous les éléments nutritifs nécessaires au métabolisme des levures et des moisissures. En outre, l’acidité du milieu inhibe le développement de la plupart des germes contaminants.

Winogradsky
* K2HPO4, MgSO4, Fe2(SO4)3, MnSO4, agar, eau distillée
* Permet notamment la mise en évidence de bactériesulfatoréductrices qui utilisent les sulfates comme accepteur d’électrons. Le sulfate de fer permet d’identifier les germes sulfatoréducteurs car celui-ci est réduit en sulfure de fer noir là où les colonies concernées se développent.

Avoine
* Avoine, agar, eau distillée, ajustement du pH à 6-6.5
* Utilisé généralement pour la détection de levure et de moisissures

PCA « Plate Count Agar »
*Triptone, extrait de levure, glucose, agar, pH 7
* Généralement utilisé en bactériologie alimentaire pour le dénombrement des bactéries aérobies dans le lait, les viandes, les produits à base de viande, les autres produits alimentaires, ainsi que pour l’analyse des produits pharmaceutiques, des produits cosmétiques et de leurs matières premières.
* Milieu peu sélectif

2,4-D : Acide…